С началом Великой Отечественной войны, 85-я зенитная батарея старшего лейтенанта А.П.Овсянникова принимала непосредственное участие в отражении налетов авиации противника, пытавшейся закупорить магнитно-аккустическими минами вход в Днепро-Бугский лиман «…только с 23 по 27 июня сбила два и повредила один самолет противника» (Передерий, 1989. С.23-24).

В связи с осложнившейся обстановкой и выходом немецких войск к черноморскому побережью «12 августа по распоряжению вице-адмирала Г.И.Левченко в связи с создавшейся обстановкой Очаковский укрепленный сектор Одесской военно-морской базы был выведен в самостоятельную организацию и стал подчиняться непосредственно командующему Черноморским флотом» (Передерий, 1989. С.42).

Согласно приказа командующего Черноморским флотом вице-адмирала Ф.С.Октябрьского от 15 августа 1941г. командиру Очаковского укрепленного сектора, личному составу сектора предписывалось, уничтожив все важные объекты отойти на второй рубеж обороны: «…на острова Первомайский и Березань и Кинбурнскую косу, чтобы продолжить контролировать Днепро-Бугский лиман. Этот рубеж подготовить сейчас же: на островах Первомайский и Березань сосредоточить максимально возможные запасы патронов, снарядов, гранат, технических средств, продовольствия, питьевой воды и т.п. Предписывалось также обеспечить острова надежной связью, организовать переброску туда и на Кинбурнскую косу зенитных батарей из Очакова, с расчетом по одной батарее на каждый остров» (Передерий, 1989. С.66).

21 августа 1941г. советскими войсками был оставлен Очаков. В ночь с 20 на 21 августа: «…войска ОУС под прикрытием батарей островов Березань и Первомайский, при поддержке артогня эсминца «Незаможник» и канлодки «Красный Аджаристан» начали отходить на вторую линию обороны: Кинбурнская коса, острова Первомайский, Березань. Удалось переправить до 1000 находившихся в строю бойцов и командиров, около 500 раненых, а также около 600 человек гражданского населения» (Передерий, 1989. С.107).

В течение месяца продолжалась оборона островов Первомайский и Березань, прикрывавших вход в Днепро-Бугский лиман. Приказом Военного Совета Черноморского флота от 15 сентября 1941г. в связи выхода войск противника к Перекопу, частям Тендровского боевого участка было приказано: «При отходе с островов Березань и Первомайский принять все меры к сохранению оружия, всю артиллерию отправить на Тендру. Отход произвести ночью, скрытно, организованно; все остальное уничтожить» (Передерий, 1989. С.149).

Но в связи со сложившейся обстановкой в районе Перекопа, эвакуацию войск и вооружения с островов Первомайский и Березань пришлось произвести с 20 по 23 сентября 1941г.. Причем гарнизон о.Березань, прикрывавший отвод войск с о.Первомайский, был произведен в последнюю очередь. Таким образом: «23 сентября закончилась операция войск ТБУ по эвакуации острова Березань. Гарнизон острова удалось вывезти полностью, зенитные орудия, боеприпасы, склады пришлось уничтожить» (Передерий, 1989. С.169). 25 сентября 1941 года остров Березань был занят войсками противника.

«Мы не располагаем документальными данными о том, что конкретно происходило на острове в период оккупации. Известно, что там дислоцировалось какое-то артиллерийское подразделение румынской армии» (Назаров, Неопубликованный архив). Оккупация острова продолжалась до начала апреля 1944 года, когда в ходе проведения Одесской наступательной операции войсками 3-го Украинского фронта был освобожден Очаков. Березань без боя была занята десантом морской пехоты.

Весной 1944г. на остров была перебазирована из Поти 173-я отдельная зенитная батарея под командованием старшего лейтенанта В.В.Авдеева (Спахов, Степанов, 1990. С.141), входившая в состав 76-го артдивизиона Черноморского флота. Вооружение батареи составляли три 76,2-мм зенитных орудия, снятых с поврежденного крейсера «Коминтерн». Батарея: «…срывала ведение разведки и постановки мин неприятельскими самолетами, отражала удары гитлеровских бомбардировщиков» (Спахов, Степанов, 1990. С.175). После окончания Великой Отечественной войны зенитная батарея была снята с острова.